食用菌按照营养类型可划分为腐生型、寄生型、共生型等。
1．腐生型食用菌
以分解死去的动、植物残体而生活的或分解有机物及从中吸取养料的食用菌称为腐生型食用菌。在食用菌栽培领域，大多数可栽培的食用菌均属腐生型食用菌，如香菇、银耳、木耳、猴头菇、灵芝、金针菇等。
2．寄生型食用菌
菌类侵染活的生物，在食用菌中主要是虫草菌类，如冬虫夏草、蛹虫草、蝉花等。
3．共生型食用菌
两种生物生活在一起时，形成互为有利，互为提供营养物质又互相依存关系的为共生。
食用菌某些种类和某些动物、某些植物及真菌之间都存在着共生现象。
食用菌和植物共生：和植物的根系形成的菌根共生型食用菌有松露、大红菇、口蘑、牛肝菌、松乳菇等——它们和一定的树种和植物根系形成共生关系（云南省雨季在林区内采摘的食用菌90%以上的品种属于与植物根系共生的食用菌）。
特定树种根系及植物根系与菌根菌的菌丝紧密包围在根毛外周，形成菌套，菌根菌不侵入根的内部细胞，生活在根细胞间隙中蔓延生长为外生菌根。外生菌根取代了树根根系及植物根系根毛的作用，增强扩大根毛吸收面积作用，菌根菌能分泌生长素，被植物及树木吸收利用。而植物和树木也为菌根菌提供营养物质。这样菌根是菌根菌与植物和树木根系结合形成的共生体。
食用菌和动物共生：最常见的有鸡枞（鸡枞菌和土栖性高等白蚁共生，成为其白蚁巢的组成部分，待温度、湿度合适，长出子实体）等……
共生型食用菌栽培：特别是“菌根性食用菌”栽培，可以说是现今世界林业发展的新方向，世界上最昂贵且最受欢迎的大多数属于菌根性食用菌类，如黑孢块菌、意大利白块菌、松口蘑、美味牛肝菌、鸡油菌、松乳菇等菌根菌。“菌根性食用菌必须与之相应的宿主植物共生才能产生出子实体，完成生活史。因此，在对菌根性食用菌进行栽培前必须先将目的菌种接种到活的宿主植物的根上，即‘菌根合成’。培养出合格的菌根苗之后，通过园艺式的栽培方式进行栽培。”
虽然腐生型食用菌在食用菌栽培领域占据主要份额，但是共生型食用菌的价格却占据整个食用菌市场的顶端……“在林地内采摘共生型食用菌是雨季云南省山区老百姓的重要经济来源。作为一种非木质林产品，菌根性食用菌在维持森林的生物多样性方面发挥着积极的作用，正在成为森林除木材之外的又一重要产品和收入来源，甚至被认为是人类从森林中获取的第二大类作物……”。
